Koncem osmdesátých let rozhodlo federální ministerstvo dopravy o nasazování dvounápravových motorových lokomotiv i pro službu v lokomotivních depech, kde měly nahradit starší tří- a čtyřnápravová vozidla; oproti nim se dvounápravové lokomotivy, či spíše lokotraktory vyznačovaly hospodárnějším provozem při dostačujícím výkonu. Po roce 1990, kdy tato potřeba byla stále naléhavější, si ČSD kvůli tíživé ekonomické situaci nemohly dovolit nová vozidla, a tak zadaly LD Jihlava rekonstrukce starších lokomotiv řad 700 až 702 na novou řadu 799. Prototyp řady 799 byl dokončen roku 1992, sériové dodávky, probíhající v letech 1994 až 2000, převzala Jihlavská lokomotivní společnost (JLS), dnes součást ČMKS.
Lokomotivní řada 799 se používá výhradně pro posun lokomotiv a vozů v depech kolejových vozidel (DKV).
Lokomotiva je koncipována jako kapotová, se dvěma sníženými a zúženými představky a centrální věžovou kabinou strojvedoucího. Po obvodu kapot vedou ochozy se zapuštěnými schůdky. Bohatě prosklená kabina strojvedoucího s tropickou střechou je přístupná bočními dveřmi. Kapotáž je provedena zcela nově, rám podvozku s dvojkolími zůstal zachován. Dvě hnací dvojkolí jsou vedena rozsochami s ocelovou vložkou, vypružení zajišťují listové pružnice. Lokomotiva je dvouzdrojová, což znamená, že dvojkolí jsou poháněna trakčním motorem, který může být napájen buďto proudem z akumulátoru, nebo proudem vyrobeným trakčním alternátorem, který je poháněn spalovacím motorem. Spalovací motor je naftový tříválec Zetor. Brzdová soustava lokotraktoru je tvořena ruční brzdou, elektrodynamickou a elektromagnetickou kolejnicovou brzdou. Ruční brzda je čelisťová bubnová brzda působící na obě dvojkolí. Zásoba písku je 200 kg.
V dieselovém režimu je naftovým motorem poháněn třífázový trakční alternátor A 225 M 04, který po usměrnění vyrobeného proudu napájí trakční motor TE 022. V aku režimu trakční akumulátor napájí prostřednictvím pulsního trakčního měniče zmiňovaný trakční motor. Trakční akumulátor je složen z NiCd článků KPM 250 P o celkové kapacitě 250 Ah, jeho napětí je 84 V. Kromě tohoto akumulátoru je lokomotiva vybavena ještě pomocným akumulátorem složeným ze shodných článků, který napájí palubní síť o napětí 24 V. Výkon spalovacího motoru je regulován osmistupňovým elektronickým regulátorem. Elektrodynamická brzda je rekuperační; energie generovaná při brzdění je využita pro dobití trakčního akumulátoru. Poslední dvě vyrobené lokomotivy, 799.040 a 041, jsou vybaveny dálkovým řízením.